俗話說“金無足赤，人無完人”，作為紅磷阻燃劑，也存在許多缺點，主要有如下六個方面：
2.1.基材腐蝕
紅磷可以作為干燥劑使用，有較強的吸水性，吸水之后生成H3PO2、H3PO3、H3PO4等物質，此時，紅磷因粘度增加而失去流動性，吸水產生的磷酸屬于更易吸水的物質，以至于*后變成稀泥狀物質。所以，當紅磷添加到高分子材料中，隨著時間的推移，在材料表層的紅磷會因吸潮氧化而使制品表面被腐蝕，進而失去光澤和原有的一些性能，更為嚴重的是，這種腐蝕會慢慢向材料內層擴展。
2.2.難以相容
無機*素來難以相容，作為無機物的紅磷與*樹脂相容性自然不好，不僅難以分散，而且會出現離析沉降，使樹脂的粘度上升，這對樹脂的后續處理和使用（澆注、浸漬、擠壓等）帶來許多不便，嚴重時，會導致材料的性能下降。
2.3.污染環境
物質的性質穩定，一般是相對的（哲學層面上講，穩定是相對的，不穩定是*的），因此，當紅磷長期與空氣接觸時，會發生緩慢化學反應，在生成磷的含氧酸同時，還將放出劇毒PH3氣體，從而對環境造成污染。PH3氣體，其它的味道，筆者未得知是什么原因產生的，反正用紅磷阻燃的熱塑性彈性體味道相對溴系阻燃、磷系-氮系配合阻燃的氣味要更大。
2.4.應用*
由于紅磷的吸濕性和不穩定性，當其添加到塑料制品中時，會影響制品的物理性能，尤其對弱電元件的漏電性和高壓元件的絕緣性影響更大，從而*了紅磷在電元件領域的阻燃應用。
2.5.燃燒爆炸
雖然紅磷可以作為阻燃劑使用，但是它本身是可燃的，特別是當紅磷受到沖擊時，更易被引燃，因此，干燥的紅磷粉塵具有燃燒及爆炸危險，在我國也被列為危險化學品。
2.6.著色基材
與其它白色阻燃物質相比，紅磷的深紫紅色易使被阻燃的制品著色，導致生產的制品顏色難以控制或者是增加了顏色調配的成本。
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